南京中医药大学共有多个优秀专业，其中有五个专业被评为国家级重点学科，可称之为最好的专业。这些专业包括中医学、中西医结合、中药学、护理学和药学。这些专业在教育部的全国第四轮学科评估中被评为A-等级，是南京中医药大学最具优势的专业之一。同时，南京中医药大学还有中药资源与开发、计算机科学与技术、针灸推拿学、康复治疗学、公共事业管理等王牌专业，也是该校的特色专业之一。特别是中药学专业，被评为国家一流专业建设点、国家特色专业和江苏省品牌专业，依托的中药学学科更是世界一流学科和国家重点学科。在历年的中国大学及学科专业评价报告中，中药学连续多年排名第一，获得5星级专业评价。
1. 最好的专业：中医学、中西医结合、中药学
根据教育部的评估结果，南京中医药大学最好的专业是中医学、中西医结合和中药学。这三个专业被评为A-等级，是该校的优势学科，也在国内排名前四。中医学和中西医结合是中医药学的核心专业，注重培养学生对中医理论和中西医结合治疗的能力，为中医药学的研究和应用提供了有力的支持。中药学则是研究中药资源的开发和利用，具有独特的优势和发展潜力。
2. 王牌专业：护理学、药学、康复治疗学
除了中医学和中药学等传统优势专业外，南京中医药大学还有一些其他领域的王牌专业。护理学是一个与中医药学相辅相成的专业，注重培养临床护理技能和人文关怀。药学专业培养药师和药物研发人才，为中医药学的发展提供药物保障。康复治疗学专业注重培养康复治疗师，为病患提供康复治疗服务，促进其身体和心理的康复。
3. 特色专业：中药资源与开发、计算机科学与技术、针灸推拿学、公共事业管理
南京中医药大学还有一些特色专业，包括中药资源与开发、计算机科学与技术、针灸推拿学和公共事业管理。中药资源与开发专业是国家一流专业建设点和江苏省品牌专业，侧重于中药资源的研究和开发，为中医药产业的发展提供支持。计算机科学与技术专业培养具有计算机应用和开发能力的专业人才，为中医药信息化和智能化发展提供技术支持。针灸推拿学专业培养针灸推拿师，传承和发展中医经典技术，为保健和康复提供中医药疗法。公共事业管理专业培养公共事业管理人才，为医疗卫生机构和医药企业的管理提供支持。
南京中医药大学有许多优秀的专业，其中中医学、中西医结合和中药学被评为最好的专业。此外，护理学、药学等也是该校的王牌专业，中药资源与开发、计算机科学与技术、针灸推拿学、公共事业管理等专业则具有自己的特色和优势。无论选择哪个专业，都可以在南京中医药大学获得全面的教育和培养。